地球にダンジョンが現れ、世界各地で魔物が跋扈するようになって数十年余り。

ダンジョンの出現による魔力の汚染により、人々はスキルという名の力を手にすることになったが、絵物語のような冒険者の時代は訪れず、多くの街が放棄され、経済は衰退し緩やかに滅びへと向かう無法地帯だらけの世界ができあがっていた。

死と隣り合わせの廃墟街で、自らのスキルを鍛え続けてきた天野防人は、《残機》スキルによって運命共同体となった謎の美少女・雫とともに、固有スキル《等価交換ストア》を武器にダンジョンと共存する世界の救済に挑む——!!