名だたる武将のDNAを持つ者が集い、覇権を争う武士道学園。ごく普通の少年だった武田哲郎はある日、自らが武田信玄のDNA保有者だと知らされ、学園で天下を目指すことを強いられる。早速、学園内で北条氏康DNA保有者・北条綾に命を狙われる哲郎の前に一人の刀を手にした美少女が出現。彼女こそ武田信玄の忠臣・真田昌幸のDNA保有者である真田理絵子だった……。戦国学園絵巻、ここに堂々の開幕！